Bendera negeri Sabah versi terkini telah digunakan sejak 16 September 1988. Ia bersegi panjang berukuran 1:2. Di sudut sebelah atas bendera berwarna biru cerah menjadi latar belakang lukisan grafik bayangan Gunung Kinabalu berwarna biru tua meliputi suku bahagian bendera ini.

Bahagian hujung bendera yang berkibar dihiasi tiga jalur yang sama besar. Jalur atas berwarna biru muda, jalur tengah berwarna putih dan jalur bawah berwarna merah cili.

Warna biru muda melambangkan keamanan dan kesejahteraan, putih melambangkan kesucian dan keadilan, manakala merah cili melambangkan keberanian dan keyakinan. Warna biru cerah menunjukkan perpaduan dan kemakmuran sementara biru tua melambangkan kekuatan dan semangat kerjasama. Kelima-lima warna yang menghiasi bendera ini mewakili lima bahagian yang terkandung dalam Negeri Sabah. Lukisan grafik berbentuk Gunung Kinabalu pula melambangkan Kerajaan Negeri Sabah.